Fond přírodovědného oddělení je rozdělen podle oborů do několika podsbírek. Jejich obsah je úzce spojen s historickým vývojem fondu a personálním obsazením. Od roku 1996 je na základě profesního zaměření odborného pracovníka oddělení (zoolog – specializace entomologie, herpetologie a ochrana přírody) přírodovědný sbírkový fond cíleně budován.
Základem sbírkového fondu je podsbírka entomologická. Součástí přírodovědných sbírek RMK jsou i podsbírky zoologická, botanická, mineralogická a paleontologická. Většinou se však jedná o původní starý fond RMK doplněný o náhodné nálezy či dary.
Sbírka obsahuje cca 108 000 ks jednotlivých předmětů a tvoří ji vlastní sběry přírodovědného oddělení a odkoupené sbírky:
Podsbírka entomologická
Vážky (Odonata) – cca 2 200 exemplářů. Od roku 1995 systematicky vlastními sběry vytvářená specializovaná sbírka vážek (suché i lihové preparáty), a to převážně z území regionu Kolínska, částečně je doplňována o náhodné sběry z území celé ČR tak, aby byla vytvořena srovnávací sbírka všech druhů řádu vyskytujících se na území ČR.
Ploštice (Heteroptera) – cca 21 000 exemplářů. Odkoupená sbírka kolínského amatérského entomologa Ing. Otakara Kubíka. Systematicky vytvářená sbírka představuje sběry ploštic z let 1950–1990, a to převážně z území středních Čech (Kolínsko a Kutnohorsko), částečně je doplněna o náhodné sběry z území bývalé Jugoslávie, především pobřeží Dalmácie. Sbírka je průběžně doplňována vlastními sběry.
Motýli (Lepidoptera) – cca 32 000 exemplářů.
a/ Odkoupená sbírka pražského entomologa Jiřího Obermajera. Sbírka sestavována v letech 1920–1988, představuje kompletní druhové spektrum denních motýlů vyskytujících se na území bývalého Československa a je doplněna i o náhodně získané exempláře z celé Evropy.
b/ Odkoupená sbírka pražského entomologa Jaroslava Kirniga. Sbírka sestavována v letech 1920-1980, představuje převážnou část druhového spektra denních i nočních motýlů vyskytujících se na území bývalého Československa.
c/ Odkoupená sbírka poděbradského entomologa Josefa Šachla. Sbírka sestavována v letech 1950–1990, představuje převážnou část druhového spektra denních i nočních motýlů vyskytujících se na území kolínského a nymburského regionu.
Brouci (Coleoptera) – cca 35 000 exemplářů.
a/ Odkoupená sbírka mladoboleslavského zoologa RNDr. Antonína Kůrky. Sbírka představuje náhodné sběry brouků z let 1950–1980, a to převážně z území středních Čech, částečně z jižní Moravy a jižního Slovenska.
b/ Odkoupená sbírka Josefa Moravce, sbírka představuje náhodné sběry brouků z let 1980-2000, a to převážně z území středních Čech (Čáslavsko), částečně z Moravy a z jeskyň Slovinska.
c/ Vlastní sběry přír. oddělení doplňující předchozí a monitorující současné druhové spektrum broučí fauny Kolínska.
Blanokřídlí (Hymenoptera) a dvoukřídlí (Diptera) – cca 1 200 exemplářů. Odkoupená malá sbírka pana Houby (Jičín), sbírka představuje náhodné sběry obou hmyzích řádů z let 1950–1980, a to převážně z území středních Čech.
Podsbírka zoologická
Obsahuje cca 4 400 ks jednotlivých předmětů, převážně bezobratlých živočichů.
Měkkýši (Mollusca) – cca 800 exemplářů. Malá sbírka představuje původní starý fond muzea z let 1920-1950. Sbírka je tvořena sběry původem z okresu Kolín, převážně Zásmucko a Černokostelecko. Průběžně je doplňována náhodnými sběry z kolínského regionu.
Pavouci (Araneida) – cca 1 500 exemplářů. Sbírka lihových preparátů představuje inventarizační a dokumentační sběry z chráněných území bývalého okresu Kolín z let 1999-2001. Průběžně doplňováno náhodnými sběry z kolínského regionu.
Obratlovci (Vertebrata) – cca 160 exemplářů. Malá sbírka především tvořena dermoplastickými preparáty ptáků (Aves), osteologickým materiálem (ptáci – Aves, savci – Mammalia), kapalinovými preparáty obojživelníků (Amphibia), plazů (Reptilia) a drobních savců (Mammalia) a parožím jelenovitých savců (Mammalia). Veškeré sběry mají původ pouze z kolínského regionu.
Podsbírka botanická
Obsahuje cca 5 500 ks jednotlivých předmětů.
Herbář Kolín – sběratel Josef Pačes, učitel v Zásmukách, v letech 1894-1952, nižší i vyšší rostliny původem z okresu Kolín (převážně Zásmucko), cca 1 100 herbářových položek, starý fond.
Herbář Český Brod – sběratel Josef Židlický, v letech 1890-1910, vyšší rostliny původem z okolí Českého Brodu, cca 4000 herbářových položek.
Herbářová kniha Kostelecko – sběratel MUDr. František Vicena, lékař z Kostelce nad Černými lesy, z let 1887-1888, vyšší rostliny původem z okolí Kostelce n. Č. l., cca 400 herbářových položek.
Vlastní sběry RMK – jednotlivosti z náhodných sběrů v rámci kolínského regionu.
Podsbírka paleontologická
Obsahuje cca 2 900 ks jednotlivých předmětů, převážně starý fond.
Český Brod – starý fond, z let 1920-60, převážně z ČR.
Kostelec n. Č. l. – starý fond, z let 1940-60, z permského útvaru a křídy z okolí Kostelce n. Č. l.
Vlastní sběry RMK – jednotlivosti z náhodných sběrů či darů příznivců muzea.
Sbírka je průběžně doplňována vlastními sběry.
Podsbírka mineralogická
Obsahuje cca 1 400 ks jednotlivých předmětů, převážně starý fond.
Český brod – starý fond, bez datace, sbírka minerálů a hornin z celého světa.
Kostelec n. Č. l. – starý fond, horniny z okolí Kostelce n. Č. l.
Kolín – jednotlivosti z náhodných sběrů a darů příznivců muzea.
