Historická podsbírka čítá v chronologické evidenci 1030 př. č. a v systematické evidenci 2269 položek. Její počátky spadají do období vzniku Muzejní jednoty v Kolíně v roce 1895, avšak z této nejstarší etapy se dochovala jen malá část exponátů.
K významnějšímu nárůstu historických sbírek došlo v meziválečném období po ustanovení Městského muzea v Kolíně v roce 1923, ve kterém historické sbírky spravoval Josef Štolba (1870–1939), a po vzniku Muzea básníků Legera a Machara, otevřeném v roce 1935 (později Literárně umělecké sbírky města Kolína – LUSK), jehož vůdčí osobností se stal Robert Marek (1881–1968). Po druhé světové válce vzniklo Muzeum odboje, které shromáždilo rozsáhlou sbírku 1. a 2. odboje. V poválečném období byly převzaty velké soubory, jako jsou osobní fondy J. S. Machara, Františka Kmocha, rodiny Prágrovy, Václava Formánka atd. V letech 1978 až 1990 působil v RMK historik Zdeněk Jelínek (1936–1994), který výrazně rozšířil sbírky 2. odboje a svým rozsáhlým badatelským zájmem přesahoval hranice regionu. Zaměřoval se především na činnost západních i východních paravýsadků. Od poloviny 90. let 20. stol. probíhá pořádání historických sbírek (zvláště fondů osobností a spolků) a jejich odborné zpracování.
Historická sbírka přibližuje dějiny regionu v 19. a 20. stol. Převažují v ní materiály týkající se města Kolín, ojediněle jsou zastoupeny jiné obce a města bývalého kolínského okresu. Její podstatnou část tvoří materiály archivní povahy (fotografie, tištěné a písemné materiály) a v menší míře jsou v ní zastoupeny trojrozměrné předměty.
Sbírka obsahuje historické pohlednice a fotografie zejména Kolína, dále cenné informace o osobnostech, resp. o některých spolcích a institucích, či kulturních a společenských slavnostech v regionu. Je v ní zařazeno i torzo fondu Židovské náboženské obce v Kolíně po roce 1945. Sbírkový fond tak umožňuje mapovat vývoj moderní občanské společnosti v Kolíně od druhé poloviny 19. století, některé významné události – např. tradice bitvy u Kolína, období první a druhé světové války, Pražské jaro a okupaci v roce 1968 nebo místní projevy „sametové revoluce“ na konci roku 1989. Zahrnuje dále doklady o politických, hospodářských, spolkových, kulturních, školských, sportovních a dalších aktivitách, vyplývajících z činnosti místních korporací, spolků i jednotlivců. Její součástí je také sbírka hudebnin. Sbírka se může využít i při studiu a prezentaci širší dobové problematiky či proměn každodennosti.
